Présentiel — Salle 34290, INMG, Faculté de Médecine Lyon Est, campus Rockefeller — 10 septembre 2024, 13h–15h

Participants

Présents : 17 participants issus de 8 structures de recherche.

Excusées : 3 personnes.

Profil : 10 contractuels et 7 titulaires. La grande majorité travaille sur des données génomiques et transcriptomiques, avec une tendance certaine vers le single-cell et la transcriptomique spatiale.

Introduction

Ce premier rassemblement part d’un constat partagé : la communauté bioinformatique lyonnaise est peu représentée dans les réseaux nationaux. L’objectif est de créer des liens, de structurer un réseau local, et de disposer d’un espace d’échange et d’entraide.

Les trois organisateurs de la réunion se sont présentés : Guillaume Marcy et Maxime Lepetit sont bioinformaticiens à la plateforme de génomique Profilexpert (Labex CORTEX, Rockefeller), spécialisée en transcriptomique single-cell et spatiale. William Jarassier est bioinformaticien au sein du projet MyoNeurALP2, également à Rockefeller.

Missions et perspectives

Les grandes lignes suivantes ont émergé des échanges :

  • Faciliter la collaboration entre bioinformaticiens de la région.
  • Partager ressources et compétences via un espace dédié.
  • Proposer des formations, en s’appuyant et en s’articulant avec les dispositifs existants.
  • Structurer le réseau en lien avec les initiatives nationales et régionales.

Le réseau se positionne prioritairement autour des données omiques.

Espace d’échange

Un débat a eu lieu autour de la pertinence d’un outil de chat dédié. La saturation des canaux existants a été évoquée : Discord Bioinfo.fr et Slack sont disponibles au niveau national, mais comptent beaucoup d’utilisateurs silencieux. Un espace local offrirait un côté plus convivial et contribuerait à faire vivre le réseau au quotidien. Les participants utilisent déjà divers outils selon leur structure : Element/Matrix, Rocketchat (SFR BioSciences) ou Framateam (HCL). La liste de diffusion Renater est quant à elle positionnée comme outil de diffusion, et non d’échange. Il a été décidé de mettre en place et de tester un espace Matrix en octobre.

Positionnement vis-à-vis des structures existantes

MERIT : il n’existe pas encore de réseau local lyonnais labellisé au sein de MERIT. La labellisation ouvrirait l’accès à des financements pour les événements (déjeuners, pauses-café, etc.) ainsi qu’à l’ensemble des informations, formations et événements des autres réseaux locaux en France.

PRABI : une première discussion avait été engagée en juillet. Le PRABI, en cours d’actualisation de son périmètre, souhaitait dresser un inventaire des bioinformaticiens et plateformes de la région. Il est favorable à déléguer le volet animation du réseau local, et soutient une labellisation MERIT.

Spatial-Cell-ID : cet EquipeX, dédié à la transcriptomique single-cell et spatiale, est complémentaire à notre démarche. Une articulation avec son coordinateur, Sergio Sarnataro, est prévue.

Formation

La formation est identifiée comme un volet essentiel du réseau. L’accent est mis sur l’articulation avec les dispositifs existants, notamment les formations CAN de la SFR BioSciences, plutôt que sur la création de nouvelles organisations.

Format des réunions

Les participants proposent :

  • Des séminaires thématiques trimestriels (demi-journée), à partir de 2025.
  • Un workshop annuel (journée complète) à spectre plus large.

Le présentiel est jugé important.

Liste de diffusion

La première vague de diffusion (fin juillet 2024) a mis en évidence plusieurs limites : la période estivale a réduit la portée de l’annonce, la liste a d’abord touché principalement la communauté single-cell, et aucun représentant du campus de La Doua n’était présent lors de cette réunion. Certains participants ont eu connaissance de l’initiative tardivement, ou un peu par hasard. Une deuxième vague de diffusion est prévue en septembre, via les canaux SFBI, JeBiF et MERIT, pour élargir la base. Les participants se sont montrés favorables à l’ouverture de la liste aux professionnels des laboratoires privés.

Comité de pilotage

Le comité actuel est composé de William Jarassier, Guillaume Marcy et Maxime Lepetit. Un appel aux volontaires est lancé pour intégrer des représentants des différents secteurs bioinformatiques lyonnais. La mise en place d’une charte déontologique pour la liste de diffusion a également été identifiée comme un besoin.

Agenda

Septembre :

  • Faire de la publicité autour de la liste de diffusion via les canaux SFBI, JeBiF et MERIT.
  • Fixer la date de la prochaine réunion (fin novembre / début décembre).

Octobre :

  • Diffusion d’un annuaire recensant affiliations, contacts et expertises des membres.
  • Appel à volontaires pour le Comité de pilotage.
  • Mise en place et test d’un espace de discussion Matrix.

Rédaction : Maxime Lepetit — Relecture : William Jarassier, Guillaume Marcy