Le Conseil d’Analyse Numérique (CAN) de la SFR BioSciences organise une formation pratique sur l’analyse d’expression différentielle à partir de données RNA-seq en bulk.
L’objectif : maîtriser toutes les étapes de l’analyse, depuis les fichiers bruts issus du séquenceur jusqu’à l’interprétation des résultats, sans prérequis technique.
Cette formation est particulièrement adaptée aux personnes disposant déjà d’un jeu de données RNA-seq, qu’il s’agisse de données publiques issues d’articles ou de données générées dans le cadre d’un projet de recherche.
Informations pratiques
- Dates : les mardis et jeudis après-midi (13h30–17h), du 24 février au 31 mars 2026 (10 séances),
- Lieu : salle de formation du site ENS Monod (sous réserve de disponibilité),
- Langue : formation en français, supports en anglais,
- Public cible : priorité aux personnes ayant déjà un jeu de données RNA-seq ou prévoyant d’en générer un prochainement,
- Format : gratuit, limité à 15 participants, avec un fort accent sur la pratique (dont 2 séances dédiées à l’analyse de vos propres données).
Inscription
- Date limite : 30 janvier 2026 — formulaire d’inscription,
- Engagement : les personnes retenues s’engagent à participer à l’ensemble des sessions,
- Sélection : notification au plus tard la semaine du 2 février.
Programme
Partie 1 — Traitement des données brutes
- Bases de Bash pour le prétraitement des données RNA-seq,
- Contrôle qualité des lectures brutes,
- Nettoyage et filtrage des lectures de mauvaise qualité,
- Alignement/mappage sur le transcriptome de référence,
- Génération des tableaux de comptage (par gène ou transcrit).
Partie 2 — Analyse statistique avec DESeq2
- Analyse d’expression différentielle,
- Bases de R pour l’utilisation de DESeq2 et la visualisation,
- Exploration et visualisation des résultats statistiques,
- Analyse d’enrichissement fonctionnel.
Pour toute question, n’hésitez pas à contacter Carine Rey.